En 1920 pasa a depender del Ministerio de Instrucción Pública y en 1971 entran a formar parte de las colecciones las obras del siglo XIX guardadas hasta esa fecha en la Sección de Arte Moderno del Museo Español de Arte Contemporáneo. Dentro de la impresionante calidad de sus fondos, puede destacarse la excelencia de las escuelas flamenca, española del siglo XVII y veneciana del siglo XVI. En sus salas podemos encontrar obras maestras de El Bosco, Van der Weyden, El Greco, Tiziano, Tintoretto, Veronés, Rubens, Velázquez, Ribera, Zurbarán, Murillo o Goya. El Museo del Prado ha sido responsable de importantes exposiciones temporales y también organiza seminarios y ciclos de conferencias de gran calidad. En 1980 se funda la Asociación de Amigos del museo y empieza a publicarse el Boletín del Museo del Prado. Actualmente se trabaja en un proyecto de ampliación del edificio a cargo del arquitecto Rafael Moneo.